1998年3月6日，經中國證監會批准，南方基金管理有限公司作為國內首批規範的基金管理公司正式成立，成為我國“新基金時代”的起始標志。

2018年1月4日，南方基金管理有限公司整體變更設立為南方基金管理股份有限公司（以下簡稱“南方基金”）。2019年7月30日，經中國證監會核准，南方基金完成實施員工持股計劃，通過員工持股和股東增資，注冊資本增至36172萬元人民幣。目前，南方基金有8家股東，分別為華泰證券股份有限公司、深圳市投資控股有限公司、廈門國際信托有限公司、興業證券股份有限公司、廈門合澤吉企業管理合夥企業（有限合夥）、廈門合澤祥企業管理合夥企業（有限合夥）、廈門合澤益企業管理合夥企業（有限合夥）、和廈門合澤盈企業管理合夥企業（有限合夥）。